A febbraio 2015, dopo la nomina di Marco Travaglio a direttore, Feltri diventa vicedirettore de Il Fatto Quotidiano, carica che mantiene fino alla fine di luglio 2019. Nel marzo 2017 assieme ad altri giornalisti si è recato a Damasco al seguito di una delegazione dei 6 europarlamentari, fra cui Stefano Maullu (Forza Italia) e Fabio Massimo Castaldo (Movimento 5 Stelle) ed ha intervistato il presidente siriano Bashar al-Assad[6], con precise regole di ingaggio.[7] Martino Mazzonis su Left ha criticato Il Fatto Quotidiano, Avvenire e il TG1 con l'accusa di essersi "prestati a fare da portavoce a un dittatore sanguinario".[8] Feltri ha risposto rivendicando l'opportunità dell'intervista.[9]
Tra la fine di maggio e l'inizio di giugno del 2019 ha partecipato all'incontro annuale del Gruppo Bilderberg.[10]
Da maggio 2020 è il direttore del quotidiano Domani, edito da Carlo De Benedetti, andato in stampa per la prima volta il 15 settembre dello stesso anno.[13]
Fabrizio Barca, La traversata: una nuova idea di partito e di governo, in Serie Bianca, intervista di Stefano Feltri, Milano, Feltrinelli, 2013, ISBN978-88-071-7270-0.
Alessandro Barbera e Stefano Feltri, La lunga notte dell'euro: chi comanda davvero in Europa, Milano, Rizzoli, 2014, ISBN978-88-170-7482-7.
La politica non serve a niente: perché non sarà il Palazzo a salvarci, Milano, Rizzoli, 2015, ISBN978-88-170-8192-4.
Reddito di cittadinanza: come, quando, perché, in Paper First, introduzione di Domenico De Masi, Roma, Il Fatto Quotidiano, 2018, ISBN978-88-99784-50-8.
7 scomode verità che nessuno vuole guardare in faccia sull'economia italiana, Torino-Milano, UTET-DeA Planeta Libri, 2019, ISBN978-88-511-7267-1.