Nasce in Alsazia, quarto di sei figli, da padre italiano, Napoleone Daverio, costruttore, e da madre alsaziana, Aurelia Hauss.[2] Dopo gli studi in collegio, dove riceve un'educazione ottocentesca, ha frequentato prima la Scuola europea di Varese[2], e poi ha studiato economia e commercio, senza laurearsi (non scrive la tesi finale pur superando tutti gli esami), alla Bocconi di Milano[3]. Daverio stesso dice: «Io non sono dottore perché non mi sono laureato, ero iscritto alla Bocconi nel 1968-1969, in quegli anni si andava all'università per studiare e non per laurearsi»[4].
Nel 1975 ha aperto la galleria che portava il suo nome, Galleria Philippe Daverio, in via Monte Napoleone 6 a Milano, dove si occupava prevalentemente di movimenti d'avanguardia della prima metà del Novecento. Nel 1986 viene aperta a New York la Philippe Daverio Gallery rivolta all'arte del XX secolo; nel 1989 apre a Milano, in corso Italia 49, una seconda galleria di arte contemporanea[5].
Come gallerista ed editore ha allestito molte mostre e pubblicato una cinquantina di titoli, tra i quali ricordiamo: Catalogo ragionato dell'opera di Giorgio De Chirico fra il 1924 e il 1929; Catalogo generale e ragionato dell'opera di Gino Severini. Dal 1993 al 1997 fece parte della giuntaFormentini del comune di Milano, dove ricoprì l'incarico di assessore con le deleghe alla Cultura, al Tempo Libero, all'Educazione e alle Relazioni Internazionali.
Nel 2011, in concomitanza dei festeggiamenti per il 150º anniversario dell'Unità d'Italia, fonda il movimento d'opinione Save Italy[11]. Il movimento, privo di una struttura organizzativa, si propone di sensibilizzare intellettuali e cittadini di ogni provenienza geografica ("la denominazione inglese serve a testimoniare che il patrimonio culturale dell'Italia non appartiene solo agli italiani ma al mondo intero, anche perché il latino si studia oggi molto più a Oxford che a Pavia", ha dichiarato Daverio in una delle sue conferenze[11]) alla salvaguardia dell'immensa eredità culturale dell'Italia.
Save Italy ha organizzato, in particolare, una grande manifestazione contro la proposta di realizzazione di una discarica nelle immediate vicinanze di Villa Adriana, a Tivoli[12]: la protesta ha ottenuto gli effetti sperati e il progetto di discarica è stato abbandonato[13]. È stato inoltre consulente artistico del progetto «Genus Bononiae»[14] della Fondazione CARISBO di Bologna, che ha lanciato la rassegna Bologna si rivela con quattro mostre nel 2011[15] e ha curato l'apertura del nuovo museo Palazzo Fava. Palazzo delle Esposizioni[16]. Il 23 luglio 2018 a Marciana Marina viene proclamato vincitore della quattordicesima edizione del Premio letterario La Tore[17].
Il 20 ottobre 2019, assieme al geologo e divulgatore scientifico Mario Tozzi e alla campionessa di scherma Margherita Granbassi, Daverio prese parte alla giuria della trasmissione televisiva della RaiIl borgo dei borghi, nella quale i due comuni di Palazzolo Acreide (SR) e Bobbio (PC) si contendevano appunto il titolo di "borgo dei borghi"; poiché i tre giurati ribaltarono il risultato del televoto determinando la vittoria del borgo nel Piacentino,[18] il segretario della commissione di vigilanza Rai, l'onorevole Michele Anzaldi, ipotizzò che Daverio in particolare si trovasse in conflitto d'interesse in quanto cittadino onorario di Bobbio con delibera del 2018. Dopo aver ricevuto anche minacce dirette a sé e alla propria famiglia a causa della vicenda[19] lo storico, intervistato sul caso dal programma televisivo di MediasetLe Iene, paragonò la forma del cannolo siciliano a quella del fucile a canne mozze e aggiunse: «Non amo la Sicilia»;[20] seguì una rettifica e un messaggio di scuse da parte dello stesso Daverio con una lettera aperta a Nello Musumeci, presidente della Regione Sicilia, il quale aveva nel frattempo anch'egli condannato l'episodio.[21]
Costellazioni. Cannavacciuolo. Jori. Massini, Bologna, Bononia University Press, 2009, ISBN 978-88-7395-424-8.
L'avventura dei Mille. La spedizione di Garibaldi attraverso i disegni ritrovati di Giuseppe Nodari, a cura di, Milano, Rizzoli, 2010, ISBN 978-88-17-04567-4.
Il museo immaginato, Collana Varia illustrati, Milano, Rizzoli, 2011, ISBN978-88-17-05223-8.
Opera grafica e vetraria. Con uno scritto di Giò Ponti e una testimonianza di Aldo Salvadori, a cura di e con Paolo Baldacci, Milano, Galleria Philippe Daverio, 1977.
Roma tra Espressionismo Barocco e pittura tonale. 1929-1943, a cura di e con Maurizio Fagiolo dell'Arco e Netta Vespignani, Milano, Mondadori-Philippe Daverio, 1984.
L'arte di guardare l'arte, Firenze-Milano, Giunti Artedossier, 2012, ISBN 978-88-09-77425-4.
Il secolo lungo della modernità. Il museo immaginato, Collana I libri illustrati, Milano, Rizzoli, 2012, ISBN978-88-17-06011-0.
Guardar lontano veder vicino. Esercizi di curiosità e storie dell'arte, Collana Arte, Milano, Rizzoli, 2013, ISBN978-88-17-06892-5.
Calma e quiete. Progetti subliminali di Alessandro Mendini, Michele De Lucchi e Angelo Micheli, Bologna, Bononia University Press, 2013, ISBN 978-88-7395-620-4
La buona strada. 127 passeggiate d'autore a Milano, in Lombardia e dintorni, Milano, Rizzoli, 2015, ISBN 978-88-17-07108-6.
Il gioco della pittura. Storie, intrecci, invenzioni, Collana Arte, Milano, Rizzoli, 2015, ISBN 978-88-17-08370-6.
La buona strada. 150 passeggiate d'autore a Milano, in Lombardia e dintorni (edizione ampliata con nuove mete), Milano, Rizzoli, 2016, ISBN 978-88-17-08739-1.
Il lungo viaggio del presepe, Collana Nativitas n.82, Novara, Interlinea, 2016, ISBN978-88-6857-103-0.
Le stanze dell'armonia. Nei musei dove l'Europa era già unita, in Collana Arte, 1ª ed., Milano, Rizzoli, 2016, ISBN978-88-17-08650-9.
A pranzo con l'arte, con Elena Maria Gregori Daverio, Collana Arte, Milano, Rizzoli, 2017, ISBN978-88-1708-541-0.
Ho finalmente capito l'Italia. Piccolo trattato ad uso degli stranieri (e degli italiani), Milano, Rizzoli, 2017, ISBN978-88-918-1517-0.
Patrizia Comand. La nave dei folli, Franco Maria Ricci, 2017, ISBN978-88-9415-332-3.
Grand Tour d'Italia a piccoli passi. Oltre 80 luoghi e itinerari da scoprire, Milano, Rizzoli, 2018, ISBN978-88-9181-970-3.
P. Daverio-Laura Leonelli, Christopher Broadbent. Quel che rimane, Peliti Associati, 2019, ISBN978-88-894-1275-6.
La mia Europa a piccoli passi, Collana illustrati, Milano, Rizzoli, 2019, ISBN978-88-918-2562-9. Racconto dell'arte occidentale dai Greci alla Pop Art, Milano, Solferino, 2020, ISBN978-88-282-0421-3.
Il vizio della curiosità, con Elena Gregori Daverio, Milano, Rizzoli, 2020, ISBN978-88-918-2997-9.
Cesare Berlingeri. Materia 1975-2005. Catalogo della mostra (Catanzaro, 22 dicembre 2005-18 febbraio 2006). Ediz. italiana e inglese, Milano, Skira, 2006, ISBN978-88-762-4639-5.
Nel periodo in cui fu Assessore alla cultura di Milano, ha curato oltre 60 mostre, dall'archeologia alla fotografia:
P.P.P. ...CON LE ARMI DELLA POESIA - Palazzo dell'Arengario, Multimedia - 1993
I GOTI - Palazzo Reale, Archeologia - 1994
MILANO IN ETA' NAPOLEONICA - Palazzo della Ragione, Mostra storica - 1994
OSVALDO LICINI - Palazzo Reale, Arte moderna - 1994
KAZIMIR MALEVIC - Palazzo Reale, Arte moderna - 1994
L'EUROPA DI ALTIERO SPINELLI. Sessant'anni di battaglie politiche: dall'antifascismo all'azione federalista - Palazzo della Ragione, Mostra storica - 1994
IL PAESAGGIO ITALIANO NEL NOVECENTO - Palazzo Reale, Mostra storica - 1994
MILANO 1894. LA CITTA' CHE SALE - Palazzo Reale, Mostra storica - 1994
NAM JUNE PAIK - Palazzo dell'Arengario, Arte contemporanea - 1994
LE ARTI NOBILI A MILANO. 1815/1915 - Pal. Bagatti Valsecchi, Arte moderna - 1994
CARL MILLES - Palazzo dell'Arengario, Arte moderna - 1994
AVEDON - Palazzo Reale, Fotografia, 1995
ALBERTO GIACOMETTI - Palazzo Reale, Arte moderna - 1995
LA TERRA DEI MOAI- Palazzo Reale, Archeologia - 1995
RIFUGIO PRECARIO. ARTISTI E INTELLETTUALI TEDESCHI IN ITALIA 1933/1945 - Palazzo della Ragione, Mostra storica - 1995
IL COMPASSO D'ORO - Palazzo Reale, Design - 1995
ALEXEJ VON JAWLENSKY - Palazzo Reale, Arte moderna - 1995
HIROSHI TESHIGAHARA - Palazzo Reale, Art contemporanea - 1995
FAUSTO PIRANDELLO - Palazzo Reale, Arte Moderna - 1995
MAGNUM CINEMA. CELEBRAZIONE DEI CENTO ANNI DI CINEMA - Palazzo della Ragione, Fotografia - 1995
ENZO CUCCHI - Palazzo dell'Arengario, Arte contemporanea - 1995
UN OCCHIO SU MICHELANGELO: LE TOMBE DEI MEDICI NELLA SAGRESTIA NUOVA DI SAN LORENZO A FIRENZE DOPO IL RESTAURO - Palazzo Reale, Fotografia - 1995
LE COLLEZIONI GRAFICHE DELL'UNIVERSITÀ DI LIEGI - Castello Sforzesco, Grafica - 1995
LES GRANDES DAMES. DUE SECOLI DI DONNE CELEBRI - Palazzo della Ragione, Mostra storica - 1995
NOVECENTO CUBANO - Palazzo dell'Arengario, Arte contemporanea - 1995
CHIMICA APERTA - Palazzo della Ragione, Fotografia - 1995
OTTONE ROSAI - Palazzo Reale, Arte moderna - 1995
LA PORTA DEL PRESENTE. 25 PROGETTI COSTRUITI CON I MATTONCINI LEGO DA GIOVANI ARCHITETTI DI TUTTO IL MONDO - Palazzo dell'Arengario, Arte contemporanea - 1995
FLAUTO MAGICO - Palazzo della Ragione, Mostra storica - 1995
CELADON - Palazzo Reale, Arti applicate - 1995
AQUATTROMANI - Palazzo Reale, Arte contemporanea - 1995
LA SETTIMANA CHE CAMBIO' L'ITALIA. SORIA E MEMORIA DELL'APRILE 1945 A MILANO - Museo di storia contemporanea, Mostra Storica - 1995
LEONARDO, IL CODICE LEICESTER - Palazzo Reale, Arte antica - 1996
L'IO E IL SUO DOPPIO, UN SECODO DI RITRATTO FOTOGRAFICO IN ITALIA 1895/1995 - Castello Sforzesco, Fotografia - 1996
DA MONET A PICASSO, CAPOLAVORI IMPRESSIONISTI E POSTIMPRESSIONISTI DAL MUSEO PUSKIN DI MOSCA - Palazzo Reale, Arte Moderna - 1996
ALESSANDRO MAGNASCO - 1667-1749 Palazzo Reale, Arte antica - 1996
IL TEATRO DI BRECHT - Palazzo della Ragione, Mostra storica - 1996
INDIGENA UNA RISCOPERTA DELLE AMERICHE ATTRAVERSO I TESSUTI (BOLIVIA E GUATEMALA) - Castello Sforzesco, Arti applicate - 1996
BRAZIL FAZ DESIGN 2° MOSTRA DI DESIGN BRASILIANO - Palazzo dell'Arengario, Design - 1996
KIMONO DI OSAKA - Castello Sforzesco, Arti applicate - 1996
STORIA DEL CORPO DEI BERSAGLIERI - Palazzo dell'Arengario, Mostra storica - 1996
^ Andrea Dallapina, Daverio: "Faremo la carità a Milano", su verbanianews.it, 10 ottobre 2010. URL consultato il 15 maggio 2014 (archiviato dall'url originale il 7 novembre 2010).
^ Andrea Dallapina, Museo, "persa un'occasione", su verbanianews.it, 6 dicembre 2010. URL consultato il 15 maggio 2014 (archiviato dall'url originale il 26 marzo 2011).